С 1973 до 2019 года он руководил московским театром «Ленком», где первой его значимой работой стал спектакль «Тиль». В 1981 году настоящий фурор вызвала первая рок-опера в Советском Союзе «Юнона и Авось». Билеты на показы достать было невозможно.

Марк Захаров открыл зрителям таких звёзд, как Александр Абдулов, Евгений Леонов, Олег Янковский, Инна Чурикова, Николай Караченцов, Дмитрий Певцов и многих других. До сих пор с неизменной популярностью идут спектакли «Безумный день, или Женитьба Фигаро», «Шут Балакирев», «Женитьба», «Вишнёвый сад» и другие.

Будучи открытым и смелым руководителем, Захаров приветствовал молодых и амбициозных режиссеров в своем театре, даже если их творческие идеи значительно отличались от его собственных. Благодаря такому подходу театр «Ленком» вышел из затяжного творческого кризиса, а его странные, но азартные постановки привлекали молодую аудиторию.

Кроме театра Марк Захаров глубоко любил кино. «12 стульев», «Обыкновенное чудо», «Тот самый Мюнхгаузен» и «Формула любви» — культовые фильмы, вошедшие в золотой фонд советского кинематографа.